В 2015-2016 годах Пивунов за счет бюджетных средств командировался в города Нижний Тагил, Геленджик, Москву и Тверь для участия в совещаниях Высшей хоккейной лиги и в товарищеских матчах по хоккею, что не было вызвано служебной необходимостью. При этом командировочные расходы составили в совокупности 182 тысячи рублей и были присвоены Пивуновым.
Также он незаконно вмешался в деятельность баскетбольного клуба, которая субсидируется из областного бюджета. С учетом собранных доказательств министру инкриминировано совершение одного преступления, предусмотренного ч. 3 ст. 160 УК РФ (присвоение с использованием служебного положения), и трех преступлений, предусмотренных ч. 2 ст. 286 УК РФ (превышение должностных полномочий лицом, занимающим государственную должность субъекта Российской Федерации).
Предъявленное обвинение Пивунов не признал. В ходе допросов обвиняемый утверждал о том, что командировки за пределы Оренбургской области были вызваны служебной необходимостью, в том числе популяризацией хоккея, отрицал факт оказания давления на руководство баскетбольного клуба «Надежда» и свою осведомленность о том, что двое его заместителей и сын безвозмездно проживали в квартирах, арендованных за счет клуба.
В настоящее время Пивунов содержится под домашним арестом. Ранее меру пресечения продлили уже в четвёртый раз. Несмотря на позицию обвиняемого, собранные следствием доказательства явились достаточными для утверждения обвинительного заключения и направления уголовного дела в суд для рассмотрения по существу.